Der er ca. 350 medarbejdere i AGRO. Disse medarbejdere er organiseret i 9 forskningssektioner, 3 markenheder samt et sekretariat.
Sektionens formål er forskning koncentreret om genetiske og molekylærbiologiske undersøgelser af afgrødeplanter.
Sektionen forsker i afgrødesundhed, som omfatter skadegørere, næringsstoffer og afgrødekvalitet for at bidrage til en miljømæssig og økonomisk bæredygtig planteproduktion.
Sektionen forsker i forebyggelse og bekæmpelse af plantesygdomme, skadedyr samt honningbiens sygdomme.
Sektionen forsker i grundlæggende jordfysisk, -kemisk og -hydrologisk procesforståelse samt i at opnå kvantitativ indsigt i jordegenskabernes rumlige udbredelse i lokal, regional samt national skala.
Sektionen forsker i samspillet mellem plantevækst, jordens frugtbarhed og den biogeokemisk betingede omsætning af næringsstoffer og kulstof i dyrket jord.
Sektionen forsker i samspillet mellem klima og jordbrugsproduktion, herunder hvordan landbrugets klimabelastning kan reduceres, hvordan produktionen tilpasses ændrede klimabetingelser, hvordan vandressourcer bedst udnyttes og beskyttes, og hvordan biomasseproduktionen kan øges under disse hensyn.
Sektionen forsker i, hvordan forskellige jordbrugs- og fødevaresystemer kan udvikles i en bæredygtig retning. Der fokuseres på balancen mellem produktionens konkurrencedygtighed, natur- og miljøpåvirkningen samt bidraget til landdistrikternes udvikling, og hvordan denne påvirkes af agronomisk-biologiske faktorer, fødevarekæders organisering og reguleringen af landbrugsproduktionen.
Land-CRAFT is the Center for Landscape Research in Sustainable Agricultural Futures.
Sektionen arbejder tværfagligt for gennem forskning, innovation og uddannelse at skabe mere robuste agro-økosystemer.
MARK består af 3 driftsenheder i Foulum, Askov og Flakkebjerg, som udfører praktiske forsøg på instituttets unikke forskningsfaciliteter, herunder forsøgsstationer og semifieldanlæg med forskellige jordtyper og klima.
Sekretariatet yder administrativ understøttelse af såvel institutledelsen som instituttets øvrige medarbejdere i deres forsknings-, uddannelses- og myndighedsaktiviteter.